Pondok Pesantren Al-Falaah Lekis Rejo berdiri sejak tahun 2005 dan salah satu lembaga pendidikan islam yang mengkolaborasikan antara sistem Kholafiyah (Modern) serta sistem Salafiyah (Tradisional), sehingga terjadilah keseimbangan menurut roda perputaran zaman. Pada sistem pembelajarannya menitik beratkan pada tiga komponen sebagai ciri khasnya yaitu : Pendalaman Al- Qur'an Karim, Kajian Kitab Kuning (Klasik) dan Pendidikan. Karena itu Pondok Pesantren Al-Falaah Lekis Rejo mendirikan pendidika formal dan non formal, sehingga diharapkan mampu mencetak kader-kader intelektual yang berilmu amaliyah, beramal ilmiyah, berakhlaqul karimah, bermu'asyaroh basyariyah dan berjiwa qur'ani.